军山气象台建于1917年,是我国私人设立的最早的农业气象台,台址设在军山顶,辟昔之炮台寺宇而建,建筑为砖木结构,墙外饰以水泥。面阔三间,平顶,明间中后部有一小楼,楼为四面坡小瓦顶。气象台所有仪器都由上海徐家汇天文台代购。该台从1917年1月1日开始观测,其记录、编印气象季报、年报及年报辑要中英文对照本,分送国内与世界各国气象台及有关机关,交换书报有百余处,该台在国际上亦有相当声誉,曾列入英国出版的国际气象台名册中。
1926年,该台由南通医学院农科接管,更名为南通学院农科气象台。
1935年,该台由省会测绘所规划改进,县拨款添置修理仪器,整理场地,成为省会测绘所二等所之一。
1938年春,日寇犯通,台屋损坏,仪器、资料大多数散失。解放后,残留仪器、资料、报表由南通气象台接收。
1991年被公布为南通市文物保护单位。